在南京，公司注册商标是一个涉及多个环节和步骤的过程，旨在保护企业的品牌标识，确保其独特性和合法性。以下是南京公司注册商标所需经历的详细流程：

一、商标查询与设计

商标设计：首先，公司需要设计或委托设计机构设计符合自身品牌形象的商标。商标应具有独特性、显著性和可辨识性，避免与现有商标雷同。

商标查询：在提交南京商标注册申请前，公司需进行商标查询，以确认所设计的商标在相关类别中是否已被他人注册或使用。这可以通过国家知识产权局商标局官网或专业的商标查询软件进行。

二、提交商标注册申请

准备申请材料：包括商标注册申请书、商标图样、公司营业执照副本复印件、授权委托书（如非公司法定代表人亲自办理）等。

提交申请：公司可以选择在线提交或前往南京市市场监督管理局（或指定的商标注册窗口）现场提交商标注册申请，并缴纳相应的申请费用。

三、商标审查

形式审查：商标局将对提交的申请文件进行形式审查，检查文件是否齐全、格式是否符合要求等。

实质审查：通过形式审查后，商标局将进行实质审查，评估商标的显著性、合法性以及与现有商标的区别性等。

四、商标公告与异议

公告：如果商标通过实质审查，商标局将予以公告，公告期为三个月。

异议：在公告期内，任何人均可以对公告的商标提出异议。商标局将对异议进行审查，并作出是否准予注册的决定。

五、领取商标注册证

如果商标在公告期内没有异议或异议不成立，商标局将颁发《商标注册证》。公司需凭相关证明文件到商标局领取证书，或选择邮寄方式获取。